Μέρος των μαθημάτων, οι πρόβες της Ορχήστρας και οι εκδηλώσεις που οργανώνει το Τμήμα πραγματοποιούνται στην Αίθουσα εκδηλώσεων της Ιονίου Ακαδημίας, ένα κτήριο με ιδιαίτερη σημασία για την ιστορία της νεοελληνικής εκπαίδευσης, μια και εδώ στεγάστηκε το ομώνυμο πρώτο ίδρυμα πανεπιστημιακής παιδείας που λειτούργησε σε Ελληνικό έδαφος.
Το Τμήμα Μουσικών Σπουδών στεγάζεται στο Πέτρινο κτήριο του Παλαιού Φρουρίου της Kέρκυρας. Το κτήριο αυτό εκτός από τις αίθουσες διδασκαλίας, οργάνων και μουσικών συνόλων στεγάζει επίσης την βιβλιοθήκη, το στούντιο και την γραμματεία του τμήματος.